En 1556 se retiró a su lugar natal, Guadalupe, donde murió el 1 de abril en 1560, siendo sepultado en el Monasterio de Santa María, donde aún puede verse, en la capilla de Santa Ana, la lápida con su sencillo epitafio "Aquí yace el cuerpo del licenciado Gregorio López, natural de este lugar. Rueguen a Dios por él.
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