En 1556 se retiró a su lugar natal, Guadalupe, donde murió el 1 de abril en 1560, siendo sepultado en el Monasterio de Santa María, donde aún puede verse, en la capilla de Santa Ana, la lápida con su sencillo epitafio "Aquí yace el cuerpo del licenciado Gregorio López, natural de este lugar. Rueguen a Dios por él.
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Las puertas del templo comunican con la nave de la derecha o de la Epístola. Este espacio de acceso fue el primitivo pórtico de la iglesia, levantado en el xv, que se ha convertido en la capilla de santa Ana. La preside un retablo renacentista (siglo xvi) con una pintura al óleo de Santa Ana, obra de Pablo de Céspedes, fechada en 1587.
Alberga además los sepulcros en alabastro de Alonso de Velasco y su esposa Isabel de Cuadros, esculpidos en 1467 por el flamenco por Egas Cueman. Se representan arrodillados mirando al altar, están protegidos por un arco lobulado y presididos desde una hornacina por un relieve de la Virgen con el Niño. Enfrente se encuentra una pila bautismal de bronce fechada en 1402, obra del escultor Juan Francés.
